Gümüşhane Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü 31.05.2008 tarihinde 2547 Sayılı Yükseköğretim kanununa tabii olarak kurulmuştur. Enstitümüz Fen ve Mühendislik dallarında lisansüstü öğretim vermektedir. Enstitümüz 2009-2010 Eğitim-Öğretim yılında Gümüşhane Üniversitesi Mühendislik Fakültesi bünyesindeki İnşaat Mühendisliği ve Jeoloji Mühendisliği Anabilim Dallarında lisansüstü eğitime başlamıştır.2010-2011 eğitim öğretim yılında önceki Anabilim Dallarına ek olarak Makine Mühendisliği AbD’na da öğrenci alınmıştır.2011-2012 eğitim öğretim yılında ise İnşaat, Jeoloji ve Harita Mühendisliği ABD’na yüksek lisans öğrencisi alınmıştır.2012-2013 Eğitim Öğretim Yılı Güz Yarıyılı'ndan itibaren Ormancılık ve Çevre Bilimleri ile Zootekni Anabilim Dallarına da yüksek lisans öğrencisi alınmaktadır. Ayrıca 2015-2016 Eğitim Öğretim Yılı Güz Yarıyılı'nda Biyoteknoloji AbD'na yüksek lisans ve doktora, Gıda Mühendisliği ile Matematik Mühendisliği AbD'na yüksek lisans öğrenci alımı yapılmıştır.

Enstitü yönetimi, müdür, müdür yardımcıları ve enstitü sekreterinden oluşmaktadır. Ayrıca, Enstitünün eğitim - öğretim, bilimsel araştırma ve yayım faaliyetleri ve bu faaliyetlerle ilgili esasları, plan, program ve eğitim - öğretim takvimini kararlaştırmak üzere Enstitü Kurulu ve Enstitünün eğitim - öğretim, plan ve programları ile takvimin uygulanmasını sağlamak, Enstitünün yatırım, program ve bütçe tasarısını hazırlamak üzere  Enstitü Yönetim Kurulu idari mekanizma içinde yer almaktadır. Gümüşhane Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü hâlihazırda 1 Enstitü Müdürü, 2 Müdür Yardımcısı, 1 Enstitü Sekreteri, 1 Memur olmak üzere toplam 5 idari görevli personelle hizmet vermektedir.