Gümüşhane Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü 31.05.2008 tarihinde 2547 Sayılı Yükseköğretim kanununa tabii olarak kurulmuştur. Enstitümüz Fen ve Mühendislik dallarında lisansüstü öğretim vermektedir. Enstitümüz 2009-2010 Eğitim-Öğretim yılında Gümüşhane Üniversitesi Mühendislik Fakültesi bünyesindeki İnşaat Mühendisliği ve Jeoloji Mühendisliği Anabilim Dallarında lisansüstü eğitime başlamıştır.2010-2011 eğitim öğretim yılında önceki Anabilim Dallarına ek olarak Makine Mühendisliği AbD’na da öğrenci alınmıştır.2011-2012 eğitim öğretim yılında ise İnşaat, Jeoloji ve Harita Mühendisliği ABD’na yüksek lisans öğrencisi alınmıştır.2012-2013 Eğitim Öğretim Yılı Güz Yarıyılı'ndan itibaren Ormancılık ve Çevre Bilimleri ile Zootekni Anabilim Dallarına da yüksek lisans öğrencisi alınmaktadır. Ayrıca 2015-2016 Eğitim Öğretim Yılı Güz Yarıyılı'nda Biyoteknoloji AbD'na yüksek lisans ve doktora, Gıda Mühendisliği ile Matematik Mühendisliği AbD'na yüksek lisans öğrenci alımı yapılmıştır. 2017-2018 Yılları arasında Tarla Bitkileri, İş Sağlığı ve Güvenliği, Enerji Sistemleri Mühendisliği ve Kimya Ana bilin dallarına Yüksek Lisans; Jeoloji Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği ve Matematik Ana bilim dallarında Doktora Programı açılmış ve öğrenci alınıma başlamıştır.

Enstitü yönetimi, müdür, müdür yardımcıları ve enstitü sekreterinden oluşmaktadır. Ayrıca, Enstitünün eğitim - öğretim, bilimsel araştırma ve yayım faaliyetleri ve bu faaliyetlerle ilgili esasları, plan, program ve eğitim - öğretim takvimini kararlaştırmak üzere Enstitü Kurulu ve Enstitünün eğitim - öğretim, plan ve programları ile takvimin uygulanmasını sağlamak, Enstitünün yatırım, program ve bütçe tasarısını hazırlamak üzere  Enstitü Yönetim Kurulu idari mekanizma içinde yer almaktadır. Gümüşhane Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü hâlihazırda 1 Enstitü Müdürü, 2 Müdür Yardımcısı, 1 Enstitü Sekreteri, 2 Memur olmak üzere toplam 6 idari görevli personelle hizmet vermektedir.